Se conformaron cuatro (4) Zonas de acuerdo al siguiente detalle: 
Zona 1: Arg. de Quilmes, Barracas Ctral., C.S. Don Bosco, Def. y Justicia, Def. de Belgrano, Dep. Riestra, Sp. Dock Sud, El Porvenir, Franja de Oro, G. y Esgrima L.P., Independiente, Lanús, Los Andes, Quilmes A.C., River Plate, San Martín (B.), Sp. Barracas, T. Suárez y Victoriano Arenas. 
Zona 2: All Boys, Almagro, Alte. Brown, Arg. de Merlo, Argentinos Jrs., Comunicaciones, Colegiales, Def. de Chaco, Dep. Armenio, Dep. Español, Dep. Paraguayo, Flandria, Huracán, Juv. Unida, L.N. Alem, Platense, Vélez Sarsfield, Villa Dálmine y Yupanqui. 
Zona 3: Arsenal F.C., Atlanta, Banfield, Berazategui, Boca Jrs., Brown (Adrogué), Def. de Cambaceres, Camioneros, Cañuelas F.C., Chacarita Jrs., Dep. Laferrere, Estudiantes L.P., Gral. Lamadrid, Racing Club, San Martín (Monte Grande), San Telmo, Sp. Italiano, Talleres (R.E.) y Temperley. 
Zona 4: Acassuso, Def. Unidos, Dep. Merlo, Dep. Morón, Estudiantes, Excursionistas, F.C. Midland, F. C. Oeste, Fénix, Ituzaingó, Liniers, Luján, Nva. Chicago, Puerto Nuevo, Rosario Ctral., San Lorenzo de A., San Miguel, Tigre y UAI - Urquiza.
2. Sistema de disputa Se disputarán partidos por el sistema de adición de puntos todos contra todos, en una sola rueda de partidos y por categoría. 2.1. Campeones Se considerará ganador del Torneo en cada una de las categorías que se disputen, al equipo que al finalizar la Zona obtenga mayor cantidad de puntos. 2.2. Definición En caso de empate en el primer puesto, se definirá por la aplicación del Art. 111° del Reglamento General. 

3. Interzonales Se jugarán partidos interzonales todas las fechas, por categoría, de acuerdo al siguiente detalle: Zona 1 con Zona 3 y Zona 2 con Zona 4. 

4. COPA DE CAMPEONES “DR. JUAN JESÚS PÉREZ” 2016 Se disputará por categorías de la siguiente manera: Semifinales: El ganador de la Zona 1 enfrentará al ganador de la Zona 3, y el ganador de la Zona 2 jugará con el ganador de la Zona 4. Esta instancia se disputará a un solo partido, en cancha neutral. En caso de empate al término de los partidos, se ejecutarán tiros desde el punto penal. Final: Los dos ganadores de las Semifinales se enfrentarán a un solo partido, en cancha neutral. En caso de empate al término del partido, se ejecutarán tiros desde el punto penal. El ganador será proclamado campeón de la Copa de Campeones 2016. 

 

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